位于東京西部的巨大“學園都市”,。在總?cè)丝谶_230萬人,，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發(fā)的特殊課程,，學生們的能力被給予從“無能力Level0”到“超能力Level5”的六階段評價,。高中生上條當麻,，也是住在學園都市的學生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力,，就連神的加護都能消除的“幻想殺手ImagineBreaker”,，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生,。而上條的學生生活,，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始,，上條就被卷入了各種各樣的事件中,。統(tǒng)率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方,，在驚險地解決雙方事件的過程中,，他的人際關(guān)系也逐步擴展。之后,，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教,，終于注意到上條的存在……。如同呼應魔法方一般,，科學方的學園都市也有所動作,。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現(xiàn),。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運大為改變的“英雄”們,。他們挺身而出與世界對峙,。如同上條當麻做過的那樣?？茖W與魔法第三次交織之時,，故事將大幅推進！,！